Reúne documentos producidos por CAREF desde 1973 en el marco de sus acciones de atención a refugiados, exiliados y migrantes. Desde sus inicios CAREF llevó adelante la atención directa de las personas de modo que cuenta con un importante acervo de expedientes creados por el Área de Servicio Social. Además se agrupan todos los proyectos, informes, memorias institucionales, correspondencia institucional y fotografías de las distintas áreas que forman parte de CAREF. Todos estos documentos corresponden a la Dirección Ejecutiva.
Por otro lado, también se incluyen las actas, listas de participantes y fotos de los organismos ecuménicos que dirigen la institución: la Asamblea, que se celebra anualmente, y de la Junta Directiva, organismo conformado por representantes de las Iglesias miembro y mandatado por la Asamblea para acompañar el trabajo de CAREF.
Se consideran documentos históricos aquellos que han cumplido 30 años de su producción y que, tras haber pasado por el proceso de evaluación, se encuentran en guarda permanente.

Reúne toda la documentación vinculada a los proyectos presentados a las diferentes agencias para su financiación. Organizados según la agencia a la que son presentados, se reúnen documentos tales como solicitudes, convenios (muchos de los cuales tienen enmiendas) y correspondencia vinculada con los proyectos, entre otros.

Reúne toda la documentación vinculada a los Proyectos presentados financiados por el Alto Comisionado de las Naciones Unidas -ACNUR- . En general, los documentos que contienen los proyectos son presentación, informes narrativos parciales y finales, convenios.

Reúne los documentos producidos por la Dirección Ejecutiva, hasta 2018 considerada una Coordinación General. Este subfondo comprende casi la totalidad de la documentación institucional al ser la Dirección, responsable de todo el trabajo que se lleva adelante en las diferentes áreas.
Por un lado, genera documentación propia de la Dirección como correspondencia y memorias anuales que dan cuenta del trabajo anual y que son presentadas ante la Asamblea General que se reúne todos los años. Tanto la correspondencia como las memorias anuales se organizan en dos series.
Por otro lado, todas las áreas de trabajo responden a la Dirección Ejecutiva, constituyendo cada una de ellas una sección: Servicio Social, Clínica Jurídica, Comunicación, Capacitación, Administración, Incidencia Pública, Investigación, Proyectos y Archivo Histórico. Cada una, produce diferentes tipos de documentos en cumplimiento de sus funciones tales como expedientes, informes, fotografías, folletos, correspondencia, entre otros muchos.
Asimismo se incorporan algunas áreas que ya no funcionan pero que formaron parte de los primeros años de CAREF: la sección Coordinadora de Acción Social -COAS- en sus comités regionales de Bahía Blanca y Neuquén, los cuales incluyen documentos tales como movimientos contables, informes estadísticos y correspondencia de informes, entre otros; y la sección Casas de Refugio, hogares en los que CAREF dio asilo a exiliados y refugiados, la cual comprende correspondencia, normas de convivencia y reglamentos, informes de los encargados de los hogares y otros documentos que muestran el funcionamiento de los mismos.